經歷年調查結果，目前全園區計有58種哺乳類動物，且大多數為行政院農業委員會公告之保育類野生動物如，臺灣野山羊、臺灣水鹿、臺灣黑熊、臺灣山羌、及臺灣獼猴等，而園區內的鳥類種數亦有約196種之多，幾乎涵括臺灣森林性留鳥，其中包括黑長尾雉、藍腹鷳、臺灣噪鶥、藪鳥、冠羽畫眉等，臺灣特有種鳥類計有24種；園區內的高山溪流經查，計有12種淡水魚類。另外105年委託專家調查結果，共記錄到園區蝴蝶種數，約285種
(比以前282種多增加了3種)，佔臺灣蝴蝶種數之一半以上；園區的爬蟲類計有18種，以阿里山龜殼花、梭德氏游蛇及斯文豪氏攀木蜥蜴等臺灣特有種較多；兩棲類計有13種，其中以一級保育類阿里山山椒魚及楚南氏山椒魚等百萬年前冰河孓遺生物，在地處亞熱帶的臺灣更屬難得珍貴，具有極高的學術研究價值。
在人文史蹟方面，有八通關古道，為清領時期對臺灣經營，由消極抵制轉為積極開發的重要里程碑，另有日治時期所修築之八通關越道路、關山越道路等，為日治時期理蕃政策下的產物，且過去園區曾經是布農族人生活的領域，因此古道現今仍多處多分布農族舊社遺址，古道的遺址更訴說著許多布農族人奮勇抗日的感人事蹟。
玉山國家公園的人文及自然資源十分豐富，加上四季更迭的景緻，極具觀光遊憩、學術研究，與環境教育等多元的價值與功能。近年來，政府積極的推動生態旅遊及山野教育，玉山國家公園不僅可作為國人生態旅遊的場地，更是戶外教學的重要場所。尤其在公路四通八達的今天，民眾能夠更便捷的抵達過往人煙罕至的山區，體驗與感受園區四季不同的風情。這些珍貴的大自然當屬於全民共享的寶貴資產，不僅是現今國人親近自然，心靈休憩的地方，更是我們留給後世子孫一塊最美好的淨土與樂園。